Microfascinante

La manera en que la naturaleza imita al arte es algo que se viene observando desde el principio de la historia, y los ejemplos son numerosísimos. Del mismo modo, los artistas se han basado desde los tiempos de las cuevas de Altamira en la naturaleza que los rodeaba. Si recientemente varios colegas sufrimos un impacto superlativo al conocer la estructura de unas macromoléculas como las Vault (dicho sea de paso, la molécula del mes en la base de datos Protein Data Bank) y su inquietante similitud con los ornamentos faciales de la muy autóctona Dama de Elche (ver Current Revolution para más señas), ahora descubro que existe un concurso de micrografías donde se muestran auténticas maravillas del orden de los nanómetros. Algunas de origen biológico, otras de materiales inertes, en cualquier caso los parecidos son sobrecogedores. La noticia, leída en el blog La Singularidad Desnuda; las fotos del concurso, podéis verlas aquí. Y por supuesto, gracias a nuestra fiel seguidora Consuela por el soplo. Como muestra, os dejo aquí el cónclave más diminuto jamás visto. Los muñequitos sin cara son mi debilidad, ya lo sabéis...

La biografía de Darwin llevada al cine

Por fin he encontrado una excusa para hablar en el blog de otra de mis grandes pasiones (junto a dibujar moñigotes y escribir relatos absurdos): el cine. En el año del bicentenario del nacimiento de Charles Darwin, y cientocincuentenario de la publicación de El Origen de las Especies, se estrenará este septiembre en reino unido una película sobre el personaje (biopic, que les llaman ahora), titulada Creation. Leí la noticia hace unos días en Las horas perdidas, fuente inagotable de noticias cinematográficas cuya visita habitual recomiendo encarecidamente. Os pongo el trailer aquí abajo, cortesía de Telegraph. Ciertamente, la vida de Darwin da para más de una película. Sólo sus aventuras a bordo del Beagle, descubriendo lo que en aquél entonces eran lugares totalmente inexplorados y especies desconocidas que asemejaban auténticos monstruos (cosa harto imposible que suceda hoy en día), ya tiene mucha miga. Pero su vida personal, con el dilema que supuso cuestionar toda su fe a raíz de sus descubrimientos y deducciones, la manera en que afectó a su relación con sus hijos y su esposa, y la repercusión que tuvo en la sociedad de la época, es también material de primera para un buen drama. Hasta el momento, lo más parecido que había visto en una pantalla de cine es el personaje del Dr. Stephen Maturin, de la magnífica Master & commander: al otro lado del mundo, de Peter Weir. En dicha película, el barco en el que viaja este personaje llega hasta las Islas Galápagos, donde el médico y naturalista se siente fascinado por las nuevas especies encontradas. Siempre pensé que el personaje estaba claramente inspirado en Charles Darwin, aunque desconozco si en las novelas de Patrick O’Brian, en las que se basa la película, este parecido era más o menos buscado o casual. El caso es que el mismo actor, Paul Bettany, ha sido elegido para hacer de Darwin en este nuevo film, cuyo guión ha sido adaptado a la gran pantalla (a partir de una biografía de Randal Keynes) por el mismo guionista de Master & Commander, John Collee. ¿Podría ser que esta primera película fuera el germen del biopic de Darwin? ¿O bien una vez pensado el proyecto, al buscar referencias anteriores, ficharan al actor y al guionista de Master & Commander? Habrá que ver los extras de ambos devedeses para averiguarlo. En cualquier caso, hasta dentro de unos meses no sabremos si la película se ha limitado a perfilar la figura de Darwin como naturalista y científico, o realmente han tenido la osadía de mostrar los claros y oscuros de un hombre que en sus últimos años de vida observó y estudió a sus propios hijos como si fueran parte de un experimento antropológico y evolucionista. Seguiremos informando. Hasta entonces, recomiendo el visionado de Master & Commander, que yo mismo tuve el placer de realizar hace unas semanas. Dos horas y pico de pura aventura en alta mar. Arr!

reflexiones escatológicas

¿Quién de nosotros no ha errado algunos millones de veces en los quehaceres diarios de esta vida científica que llevamos o arrastramos…? Todos sin excepción… LA CAGAMOS…. No obstante, esta afirmación no es categóricamente cierta, todos conocemos, casi siempre indirectamente (… a modo de leyenda muchas veces) el caso de ese ser cuasi-humano cuasi-divino del que no se conoce o recuerda cagada alguna… por ínfima que fuere. Y sin querer entrar en reflexiones escatológicas… me veo arrastrado a ello, porque, ¿no sufriría este ser que no se equivoca jamás, un estreñimiento operativo porque nunca la caga? Y en el otro extremo… ¿no sufriría aquel que es la antítesis del primero, una diarrea operativa porque siempre la caga?... y entre estos extremos existe un abanico de posibilidades englobado por el resto de mortales que se rigen por la norma, y que en diferentes grados, a veces la cagan, pero la mayoría de las veces no… ¿no serian estos últimos los que tienen una operatividad sana, sin perturbaciones?. A mi entender, la respuesta a estas reflexiones es sí, existe el estreñimiento operativo y la diarrea operativa, y por supuesto la operatividad sana que, por suerte es la más extendida. Si habéis leído esto, podéis o no, haberos incluido en alguno de los tres grupos… y seguro que se os pasó por la cabeza que querríais estar estreñidos operacionalmente, que sería lo guay (…nada más alejado de la vida real) y alguno, ubicó dentro del primer grupo a todos los premios novel que conoce, y también a algunas eminencias más cercanas. Esta es una tendencia bastante extendida… los cracks no la cagan… pero no la acertada. Si se repasa un poco la historia de la ciencia, muchos de los avances gordos en la mayoría de las disciplinas se deben a cagadas entre medias y monumentales… y el que no se lo crea que se lo pregunte, entre otros, a I. Newton, A. Fleming, Wohler (síntesis de urea), un soldado francés (piedra roseta), Alfred Nobel, Charles Goodyear (vulcanización del caucho), o a su compañero de laboratorio… que consiguió clonar el gen inclonable del laboratorio porque la cagó en la PCR programando temperaturas absurdas. A esto se llama SERENDIPIA. ¡OJO! y con esto no quiero reivindicar la diarrea operativa, sino advertir que el cagarla es humanamente normal… que todo el mundo tiene épocas de disentería, de la que puede recuperarse. LO IMPORTANTE ES MANTENER LOS OJOS ABIERTOS Y LA MENTE LÚCIDA Y DINÁMICA, PARA QUE EN EL CASO DE QUE NUESTRA CAGADA = SERENDIPIA, NOS DEMOS CUENTA Y NO DEJEMOS PASAR LA OCASIÓN DE CONTRIBUIR AUNQUE SEA MÍNIMANTE AL AVANCE DE LA CIENCIA.

Seguridad en el laboratorio (I)

Bromuro de etidio: El bromuro de etidio (BrEt) es un agente intercalante usado comúnmente como marcador de ácidos nucleicos en laboratorios de biología molecular para procesos como la electroforesis en gel de agarosa. Cuando se expone esta sustancia a luz ultravioleta, emite una luz roja-anaranjada, que se intensifica unas 20 veces después de haberse unido a una cadena de ADN. Este efecto es debido al aumento de la hidrofobia del medio, y no a la rigidificación del anillo bencénico, no estando éste entre pares de bases del ADN. Como el bromuro de etidio se intercala en el ADN, esta sustancia tiene un poderoso efecto mutágeno y, posiblemente puede ser cancerígeno o teratógeno. (Fuente: wikipedia)

For those about to research

Por más que lo he intentado, finalmente no he conseguido relacionar de una manera sensata el mundo de la ciencia con lo que aconteció el pasado viernes 5 de junio en el estadio Vicente Calderón de Madrid. El torrente de sensaciones que dos horas de sonido brutal, ritmo salvaje y piruetas guitarrísticas provocan en el cerebro de todas las personas congregadas alrededor de los cinco cincuentones que constituyen el epicentro de dicho espectáculo, es algo que dudo que la ciencia consiga explicar en muchos, muchos años. Por mi parte, no he podido dejar de rendir mi sencillo tributo a esta gran banda, y para ello me he tomado la libertad de utilizar nuestro humilde rinconcito en la red.

Nada más que añadir; igual que el grupo en su momento rindió tributo a todos aquellos que alguna vez en su vida se han visto poseídos por el poder de la guitarra eléctrica, al grito de For those about to rock... we salute you!, para todos aquellos que se dispongan a entrar en el maravilloso y rocambolesco mundo de la ciencia gritamos:


For those about to research...

... we salute you!

La lacra de nuestra profesión

- ¡Hombre, cómo tú por aquí!
- ¡Hola, qué tal! ¿Cómo va eso?  
- Pues mira, a punto de acabar el PhD…  
- Ala, qué suerte, justo yo ahora estoy pringado con lo del DEA…  
- Es verdad, me dijiste que estabas loco haciendo ensayos de Y2H, ¿qué tal te salieron?  
- Uf, calla, menudo rollo, con el ONPG, hasta las narices macho…
- Ah ya, eso se usa también para ensayos fosfatasa, ¿no?  
- No, no, eso es OMFP, es otra cosa totalmente distinta, tipo pNPP.
- Ah si, es verdad, perdona se me ha ido la olla, es que con esto de las siglas...

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El fenómeno de plegamiento-dilatación anormal del tiempo

Contrastando con el sintético y conciso estilo de las gotas de sabiduría del genial Banchsinger, aquí os traigo una nueva reflexión absurda con mi característico estilo ladrillógeno y pedante. Espero que os guste. Hoy voy a hablar de algo evidente, pero no por ello menos fascinante. Es del conocimiento público que cuando uno está haciendo algo que le gusta y con lo que está entretenido, el tiempo pasa volando; por el contrario, labores tediosas o impuestas parecen alargarse eternamente. Un mismo periodo de tiempo puede tener una percepción por parte del sujeto que lo experimenta absolutamente distinta, pudiendo establecer una correlación entre la satisfacción que supone la tarea y la rapidez con que el tiempo pasa. Además, otro factor que altera esta percepción del tiempo es, curiosamente, la propia reacción del sujeto ante el paso de éste. Me explico: si uno cumple su tarea sin reparar en la medición del tiempo, parece que éste pase más rápidamente. Si, por el contrario, el sujeto mide constantemente cuánto tiempo ha pasado, de manera periódica, dicho paso parece enlentecerse aún más. En los laboratorios, este fenómeno tan curioso (cuya explicación está seguramente más allá de esta humilde reflexión) adquiere una magnitud especial. Cualquier experimento está sujeto a un protocolo preciso y concreto, en el cual el tiempo es una variable perfectamente establecida y controlada. Los procesos más rutinarios, la llamadas técnicas preparativas, están de hecho especialmente sujetos a esta medición estricta del tiempo, lo cual las condena para siempre a padecer en su máximo esplendor el fenómeno que podríamos pasar a denominar en adelante, plegamiento-dilatación anormal del tiempo. En estos casos, dependiendo de la monotonía de la tarea y de la fijeza con que se observe el reloj que marca el paso del tiempo (el inevitable timer), el contínuo espacio-tiempo se ve drásticamente alterado, plegándose el tiempo sobre sí mismo y provocando que la rapidez de nuestros pensamientos sea mucho mayor que aquélla con que transcurren los minutos. Para el sujeto pasivo, en este caso el investigador o técnico de laboratorio, un minuto puede ser un lapso de tiempo en el que tienen lugar todo tipo de elucubraciones acerca del posible resultado del experimento, modificaciones de la técnica utilizada o simplemente divagaciones ajenas al trabajo. Muchos de los pseudo-segundos que nuestra mente disfruta durante este lapso de tiempo se utilizan comúnmente en pensar posibles optimizaciones para las técnicas y protocolos que impliquen una reducción de los pasos a seguir o de los tiempos de espera de los mismos. Como hemos comentado al principio, este proceso tiene lugar en dos direcciones opuestas: basta que nos dispongamos a utilizar el tiempo en alguna otra tarea más agradable, y dejemos de observar el mencionado timer, para que el tiempo se pliegue esta vez con rapidez inesperada; es entonces cuando el timer lanza su sonoro reclamo, provocando en general desconcierto en el sujeto pasivo, y malestar entre los sujetos que comparten laboratorio. En la vida cotidiana este fenómeno es igualmente común; un ejemplo clásico es el tiempo que tarda en hervir el agua para preparar un plato de pasta. Una observación directa y contínua del recipiente provocará exasperación en el sujeto desde que comienzan a aparecer las primeras, tímidas y diminutas burbujas, hasta que el conjunto del agua borbotea con fervor, dispuesta a recibir los macarrones, espaguetis o similares. Si el sujeto se ausenta para, por ejemplo, tender la ropa o hablar por teléfono, cuando regrese al puesto de observación el agua se estará saliendo con violencia del recipiente, probablemente evaporada una gran parte. En ambos casos ha pasado el mismo tiempo, pero la diferente percepción por parte del sujeto provoca situaciones realmente dispares. Por último, remarcar que esta alteración de la percepción, una vez conocido el fenómeno y sus mecanismos (aunque no su explicación), puede provocar desdichados malentendidos, como el caso de aquel investigador que, habiendo confundido el interruptor que encendía el fuego donde su cafetera estaba colocada, esperó y esperó pensando que el tiempo que pasaba inexorable era un típico caso de dilatación anormal del tiempo, sin saber que el café que esperaba con tesón nunca llegaría a salir.

Podría sucederos a vosotros…

Así pues, amigos, recordad siempre que no debéis desesperar en esos minutos, a veces incluso segundos, que parecen nunca acabar y nos provocan angustia y pesar. Lo importante es siempre estar alerta y no confundir el fenómeno del plegamiento-dilatación anormal del tiempo con errores en la manipulación de lo que sea que tenemos entre manos, ya sea la incubación de unas digestiones o la preparación del café para el almuerzo.

COSAS QUE SABER Y RECORDAR

En una página como esta no puede faltar nuestro dogma de fe:

El Credo del Biólogo Molecular

Creo en el DNA todopoderoso

creador de todos los seres vivos

Creo en el RNA, su único hijo,

que fue concebido por obra y gracia de la RNA polimerasa

Nació como transcrito primario

padeció bajo el poder de nucleasas, metilasas y poliadenilasas.

Fue procesado, modificado y tansportado.

Descendió al citoplasma

a los pocos segundos fue traducido a proteína.

Ascendió por el Retículo Endoplásmico y el complejo de Golgi

y está anclado sobre la membrana plasmática

a la derecha de la proteína G.

Desde ahí ha de controlar la traducción de señales

en células normales y apoptóticas.

Creo en la Biología Molecular,

la terapia génica y la biotecnología,

en la secuenciación del genoma humano,

la corrección de mutaciones,

la clonación de Dolly

y la vida eterna

AMÉN

...Y tampoco un recopilatorio de los principales axiomas de la ciencia:

Ley de Murphy: Si algo puede ir mal, seguro que irá mal.

Teorema de Patrick: Si el experimento funciona, señal de que está usando un aparato equivocado.

Constante de Shinner: Es aquella cantidad de multiplicada, dividida, sumada o restada del resultado obtenido, nos da el resultado deseado. Postulado de los cinco dedos: La experiencia aumenta con el número de aparatos que uno estropea.

Ley de Fapple (sobre la perversidad de los objetos inanimados): Todo objeto inanimado, prescindiendo de su composición o configuración, se puede esperar que se estropee siempre de una manera totalmente insospechada y por razones que son enteramente oscuras, o mas bien absolutamente misteriosas.

Regla de Betterin: Cuando algo no funciona, siempre lo hace por una razón diferente de la que uno piensa que no funciona.

Axioma de Allen: Cuando todo falla hay que leer las instrucciones. Corolario de la compensación: Un experimento se puede considerar un éxito si no más de la mitad de las medidas observadas deben ser desechadas para obtener cierta correspondencia con la teoría.

Ley de Humperson: La probabilidad de que suceda un determinado evento es inversamente proporcional a lo deseable que sea el mismo.

Regla del material: Los suministros necesarios para el experimento de ayer deben ser pedidos no más tarde de mañana al mediodía.

Principio de las piezas dispersas: La accesibilidad para recuperar piezas caídas de la mesa varía directamente con su tamaño e inversamente con su importancia para completar el trabajo empezado.

Factor de futilidad: Ningún experimento es nunca un completo fracaso; puede servir como un contraejemplo.

Ley de Anderson: Nunca se rompe nada de lo que se tiene recambio.

recordad compañeros de pipetas...

Como dijo una vez Gibran:

No se llega al alba sino por el sendero de la noche

...O... como diríamos en mi poblado:

Pa comer jamón hay que matar el cochino

Our joy in a well

Si las publicaciones científicas incluyeran todos aquellos resultados que nunca llegaron a confirmar nuestras hipótesis, pero tampoco a rebatirlas categóricamente, es indudable que publicaríamos mucho más. Pero lamentablemente, los laboratorios están llenos de resultados que no llevaron a ninguna parte, ideas que jamás se materializaron, o resultados que pese a ser positivos no llegan a aportar nada nuevo al campo (Me refiero a resultados del tipo "Sí, vale, se confirma, ¿y qué?"). De este modo, mientras que una ínfima porción de los datos obtenidos tras miles y miles de experimento nutren los artículos de todo el mundo, una proporción indecentemente más grande de resultados son condenados al olvido. Probablemente, si se pudieran publicar este tipo de datos, hoy en día leeríamos alguna revisión con el poco probable título de Our joy in a well: non-productive data in the era of failuromics. Este simbólico pozo donde nuestro gozo se ahoga tan a menudo en el día a día de nuestro devenir experimentador estaría lleno de minipreps negativas, westerns en blanco, animales modificados genéticamente que se muestran tan felices como cualquiera de su especie, gráficos donde faltan controles y bellísimos árboles filogenéticos que nos confirman lo que ya sabíamos desde hace años.

Valga pues esta (absurda) reflexión para honrar a todos esos experimentos que nutren al pozo, ya que, al fin y al cabo, necesitamos realizar muchos de ellos para que, aunque sea por estadística, aparezca alguno de esos resultados que de cuando en cuando nos alegran la vida.