Los Hijos del Protocolo y la Reproducibilidad Experimental

Al hacer ciencia todo debe quedar reflejado en el cuaderno de laboratorio. Al preparar una pócima (literal o metafóricamente hablando) debe quedar debidamente registrado cada ingrediente, su procedencia, el orden en que lo añades, el tiempo de cocción, la temperatura y las palabras mágicas exactas. La detallada receta, si funciona en su cometido, se convertirá en Protocolo y se erigirá inevitable y sagrada hoja de ruta que asegurará que tú u otra persona pueda repetir tamaño elixir (o resultado experimental) cuantas veces quiera en cualquier lugar y en cualquier momento… y serás feliz y comerás perdices… pero solo en teoría como si de un puñetero cuento se tratase. 

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El error que llevó a una pista, que a través de un puente, condujo a un hallazgo

Esta entrada pertenece a una serie iniciada aquí, donde se narran aventuras y desventuras en torno al estudio de las enfermedades raras. Pienso que pueden resultar especialmente interesantes tanto para todo aquel que quiera saber cómo funciona el día a día de la investigación biomédica, como para jóvenes investigadores que comienzan sus andadas en el mundillo, a los que espero servir de "abuelo cebolleta" para derribar algunos mitos y tal vez, quién sabe, alimentar otros. Todas las entradas de la serie pueden leerse aquí.

En la última entrega explicamos cómo la mutación de la serina 25 afectaba a laforina, y mencionamos  que dicha mutación le impedía formar dímeros. Antes de entrar en materia en la siguiente parte de este relato científico, conviene hacer  una introducción al respecto.

La historia de hoy nos llevará hasta un puente. Esta es toda la relación entre el bellísimo fotograma de Manhattan de Woody Allen y el post que tenéis entre manos, pero toda excusa es buena para meter algo de cinefilia en el blog.

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Laforinas mutantes y el pollo de Kentucky

Esta entrada pertenece a una serie iniciada aquí, donde se narran aventuras y desventuras en torno al estudio de las enfermedades raras. Pienso que pueden resultar especialmente interesantes tanto para todo aquel que quiera saber cómo funciona el día a día de la investigación biomédica, como para jóvenes investigadores que comienzan sus andadas en el mundillo, a los que espero servir de "abuelo cebolleta" para derribar algunos mitos y tal vez, quién sabe, alimentar otros. Todas las entradas de la serie pueden leerse aquí.

En el último post nos quedamos con la duda de si la proteína AMPK era la responsable de fosforilar a laforina, y en caso afirmativo, de qué narices supondría esta fosforilación para la vida de laforina y su efecto sobre las células (recordemos que conocer los detalles de la biología de esta proteína es crucial para llegar a entender el origen de la enfermedad de Lafora, y tal vez, cómo conseguir curarla algún día). Como también  adelanté, ya existía entonces una pista muy importante respecto a cuál era el aminoácido candidato a ser fosforilado, pista que yo debía terminar de seguir hasta dar con una respuesta. 

Si comparamos las piezas de Lego con los aminoácidos que se engarzan para formar las proteínas...

... un Iron Man de Lego equivaldría a una proteína con unas propiedades MUY molonas (para comprender qué rayos tiene esto que ver con el post, sigan leyendo por favor)

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Desnudando (molecularmente) a laforina

Esta entrada pertenece a una serie iniciada aquí, donde se narran aventuras y desventuras en torno al estudio de las enfermedades raras. Pienso que pueden resultar especialmente interesantes tanto para todo aquel que quiera saber cómo funciona el día a día de la investigación biomédica, como para jóvenes investigadores que comienzan sus andadas en el mundillo, a los que espero servir de "abuelo cebolleta" para derribar algunos mitos y tal vez, quién sabe, alimentar otros. Todas las entradas de la serie pueden leerse aquí.

Seguimos con el relato autobiográfico de mis andanzas estudiando las bases moleculares de la enfermedad de Lafora. En el punto en que dejamos la historia, se me estaba ofreciendo la posibilidad de experimentar con la proteína llamada laforina, intentando arrojar algo de luz sobre sus particulares propiedades como fosfatasa. Tras aceptar sin dudarlo, el jefazo me embarcó de golpe y porrazo en dos líneas complementarias que ya estaban más o menos en marcha: por un lado, me encargaría de continuar un trabajo bastante avanzado en el laboratorio, que constituía la herencia de una investigadora recién doctorada que dejaba el grupo; por otro, trabajaría  en una línea de colaboración con un grupo de nuestro mismo instituto, expertos en cristalografía. A partir de aquí, y como suele pasar en investigación, el trabajo fue saliendo a trompicones y derivando en direcciones inesperadas (un factor que otorga diversión y frustración a partes iguales a este bendito trabajo). Comentaremos por separado ambas líneas, y en posts venideros, las implicaciones derivadas de éstas. Por lo pronto, con estos primeros experimentos abordamos nada menos que el sugerente reto de intentar conocer a laforina de la forma más íntima posible, despojándola de su entorno celular e intentando desnudar su estructura.

Las proteínas "nacen" como una secuencia lineal de aminoácidos encadenados, que va sufriendo varios plegamientos hasta adquirir la estructura final de la proteína (la cual puede estar formada por más de una cadena)

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Cómo conocí a laforina

Este año 2013 ha sido declarado el año español de las enfermedades raras. Es precisamente el tema en el que he trabajado durante estos últimos cinco años. Pronto comenzaré una nueva etapa laboral, en otro grupo de investigación, y aunque espero continuar desde la distancia algunos de los temas que me quedan pendientes e incluso seguiré investigando en enfermedades raras, es indudable que termina una época concreta. Momento más que adecuado para recapitular un poco. En esta y próximas entradas (etiquetadas como “Memorias de laboratorio”) os voy a contar cómo llegué a mi actual laboratorio, cómo conocí la enfermedad de Lafora y qué he aprendido a lo largo de este tiempo. Espero, sinceramente, que os guste acompañarme en esta retrospectiva. Sin más dilación, comenzamos con una breve introducción.

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