jueves, 18 de diciembre de 2014

El secreto estaba en la botella

Sutiles diferencias pueden convertir tu vida en un infierno. En un largo y oscuro infierno. Lo que han de leer no es que le haya pasado a servidor, sino a un conocido (como siempre, pero aquí de verdad). Pero igual valdrá para ilustrar el desasosiego que todo científico ha de sentir al vivir, siquiera de oídas, tan horrendas historias de laboratorio.


Todo comenzó hace mucho, mucho tiempo. Mucho antes de que yo llegase al lugar que ahora habito en general de 8 de la mañana a las 6 de la tarde aproximadamente. Una joven empezaba su doctorado y le encalomaban la proteína con la que debía trabajar; a la que debía arrancar parte de la verdad de la química de la vida. Ahora sería muy largo de explicar, pero resumiendo mucho, para los legos en la materia, solo un apunte. Una técnica muy usada para obtener proteínas (incluso las humanas) es introducirlas en forma de ADN dentro de bacterias (ej.: E. coli, que son muy comunes en tu intestino) y dejar que esas bacterias las produzcan mientras dan vueltas en un bote a más de 200 revoluciones por minuto sobre un agitador orbital (más info aquí). Luego, después de que las bacterias  han pasado de unas microscópicas docenas de individuos a bastantes gramos de masa bacteriana en poco más de una noche, se les extrae la proteína haciéndolas explotar en líquidos bacteria-no-friendly. Todo esto que aquí describo en cuatro líneas es un arte tan complejo biológicamente, tedioso tecnológicamente y con tantas variantes en manera, forma y fondo, que sería una desfachatez no advertir de su dificultad.

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Pero hete aquí que nuestra inteligente, exigente y competitiva doctoranda, a pocas semanas de empezar el doctorado, purificaba la susodicha proteína en cantidades adecuadas para poder hacer ensayos in vitro con objetivo de caracterizarla. Todo andaba sobre ruedas hasta que un día dejó de andar.  Esto es típico, pasa en las mejores familias: desde los más humildes laboratorios hasta los más importantes y equipados. Un día, sin razón aparente, una técnica usada durante largo tiempo deja de funcionar.  Primero se asume un error y se repite. Cuando se descarta el error se buscan fallos en los componentes y reactivos usados en la técnica. A veces se encuentra que estaban degradados o en mal estado, se reemplazan y asunto resuelto. Pero otras veces parece que los astros se conjuran y, se haga lo que se haga, parecerá que el secreto de la pócima se ha esfumando con el viento. Desafortunadamente este fue el caso en esta historia de miedo. Pero nadie se dio por vencido. A veces simplemente es necesario variar la técnica un paso o dos o todos, uno a uno. O también, usar otra técnica similar o mejorada o usar nuevos materiales optimizados que suelen ser más caros.  Pero todo ello lleva tiempo; mucho tiempo y mucho esfuerzo, que en este caso no sirvió de mucho...



El líder del laboratorio, también llamado PI (Principal Investigator), sabedor por experiencia de que estas desventuras asolan al más pintado, cambió el tema principal de investigación de nuestra doctoranda y pocos años después la colega se doctoró brillantemente. Pero como he dicho, aquí no se rindió nadie, y poco a poco en el poco “tiempo de asueto” que tenían, ella y otros miembros del laboratorio fueron probando diferentes maneras y técnicas para producir la maldita proteína... Pero no, no hubo forma en largos años… hasta que un día alguien nuevo llego, una chica nueva en la oficina laboratoríl. Una recién doctorada empezando su postdoc. 

Hace nada nuestro PI decidió probar suerte con el homólogo a la maldita proteína procedente de unos hongos de un tipo especial del que nunca habíamos oído hablar (Chaetomium thermophilum) pero que son extremófilos (de ejemplo un botón) viviendo la mar de bien a 60 grados, por lo que las proteínas que producen son más estables, en general, que las de seres vivos que vivimos a 37 grados como humanos o E. coli.  Así que parte del encalome de la nueva postdoc fue, cómo no, expresar la maldita proteína versión hongo en nuestras bacterias. Y a la primera: Zas!! Tochón de maldita proteína de hongo. Asín nos quedamos todos: O.O

Aunque no se alegren demasiado, porque como he dicho, esa maldita proteína era el equivalente a la maldita proteína humana pero del hongo. Así que el problema no estaba resuelto, aunque como se suele decir, menos da una piedra. Mejor investigar la versión de la proteína del hongo que no investigar ninguna… Pero hubo más, porque la vieja guardia se percató de una curiosidad que hubiese pasado por alto el soldado nuevo: la nueva postdoc no solo había usado una especie diferente para producir proteína, también la había hecho crecer en una botella que, aunque aparentemente normal, poseía unas hendiduras en su base. Estas botellas eran de un laboratorio vecino recién llegado. Buffled flask se llaman en inglés, el traductor los denomina acertadamente  frasco desconcertado. Que es como nos quedamos todos cuando al día siguiente el mismo compañero, que también había intentado con anterioridad expresar la maldita proteína humana, consiguió purificar un buen montón de la maldita proteína usando bacterias con el mismo protocolo había fallado reiteradamente desde años atrás. Solo había hecho un cambio: la botella. Casi cinco años, un montón de pasta y una impagable cantidad de esfuerzo y frustración terminaban con varias hendiduras en una botella. No me digáis que no es para tener miedito. Todo, se había intentado todo, todo menos pensar que la botella marcaría la diferencia. Como íbamos a pensar eso si el resto de proteínas que estábamos expresando, en botellas normales, funcionaban a la perfección espesándose a kilos (atención, podría ser una exageración).  

Fuente


En fin, una sutil diferencia que mirada en perspectiva puede abrir las puertas del averno y la paranoia. Un horror vamos. No es que lo de la nueva botellita desconcertada no tenga explicación, que la tiene. De hecho, este tipo de botella que se conoce en realidad como matraz aforado con hendiduras, es más eficiente en agitación orbital porque permite que el cultivo se airee más al generar más espuma mientras se agita. Más aire se traduce en un mejor rendimiento del metabolismo aerobio de las bacterias y por tanto, y resumiendo mucho, al estar más contentas y sanotas la bacterias producen más material para crecer más y reproducirse mejor. Y eso incluye a nuestra maldita proteína clonada. Pero todo ello sigue sin arrojar luz acerca de que pasó aquel fatídico día en que todo dejo de funcionar. Podría ocupar vuestro tiempo en divagar sobre las infinitas posibilidades, pero sería en vano, porque el verdadero motivo probablemente no se sabrá nunca. Solo me queda el desasosiego de “me podría pasar a mi…o a ti”.

video 
Atiende como crecen las bacterias en un agitador orbital a 220 rpm

                             

Epílogo

Aquella voluntariosa estudiante que se convirtió en doctora abandonó el laboratorio meses ha del horror que os relato.  Se ha deliberado mucho sobre si debemos o no enviarle noticias de la nueva ventura.  Quizá la advertencia le sirviese bien en nuevas y peligrosas afrentas. Pero sabemos a ciencia cierta que la maldita proteína estuvo a punto de segar su doctorado y le produjo un sufrimiento que solo conocen el 90% de los que hacen el doctorado. Ergo hemos decidido guardar sepulcral silencio a temor de que la misiva desate en ella la locura y la sinrazón. Así pues, la botella se llevará su secreto a la tumba.  

6 comentarios:

  1. Escalofriante, sobrecogedor. Qué identificado me he sentido, tanto por las frustraciones, como por los botellones de litros de bacterias... ains, qué recuerdos. Pero uno se queda, tras haber pasado por cosas parecidas, con que la explicación de las rayitas, pues sí, pues vale, pues muy lógica y ya tal, pero que una proteína pase de expresarse normal a no aparecer ni por asomo, es algo que sucede tan a menudo y de formas tan ignotas, que ya no sabes a qué atenerte.

    Me ha recordado un relato de Robert Luis Stevenson, "El diablo en la botella". Diabólico relato, sin duda. Me encanta cómo lo has narrado, ha sido digno del mismo Stevenson o de Poe. Qué yuyu.

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  2. Iba a decir lo mismo que Litos, más que "anda, qué historia más curiosa y edificante" se me ha hecho un nudo en el estómago de pensar que estaba en el lugar de la pobre doctoranda

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  3. Me he puesto en situación y desde luego acojona atorarse de esa manera por algo tan sencillo y a la vez tan difícil de detectar...
    Muy chulo y muy bien contado, me ha gustado. Y tomo nota para el caso en que no me salga algo ¡revisar hasta los recipientes!

    Un saludo

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  4. Que terrible... porque cuando lo que falla es algo complejo, se intenta por donde sea. Pero cuando hablamos de algo "invisibe" y desconocido, que puede ir de lo metacuánticofísicoholistico a cambiar la marca de las puntas de pipeta...estamos ante una pesadilla.

    Me apunto lo del aire en la producción :D que nunca está de más!

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  5. Siento haber avivado tan chungos recuerdos, pero la verdad debe ser contada sin pelos y señales. Eso sí Dr.Litos, gracias por la comparación con semejantes monstruos de la literatura de suspense y terror aunque no creo que sea merecida, ergo también he de decir que no he leído a ninguno de ellos (llamadme insensato...). Además lo mas chungo de todo esto es (por lo fuerte y por lo tarde que me enteré no lo había incluido) que hablando con el de la vieja guardia a cerca de esta locura, me confesó que en algún punto, cuando la desesperación lo había probado todo alguno le propuso al PI lo de las botellas desconcertantes. Y el PI rechazo la propuesta por absurda.

    En fin, un drama. Espero que la desgracia ajena sirva a alguien de lección... si esto se publicase en Nature cuantas penas y dolor se ahorrarían.

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  6. "El misterioso caso del botellón chungo", podría intitularse.

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