sábado, 15 de octubre de 2011

Alta densidad: la madre de todos los atascos.


Mañana, como todas las mañanas, o casi todas las mañanas, cogerás tu coche, tu moto, tu bicicleta o tus pies y el metro o el autobús, y te irás a tu  quehacer diario. Y que te encontraras, al ir o al volver?, seguro que sí, un atasco, una aglomeración, un embotellamiento, o en su defecto, una elevada densidad de población y cosas que querrán pasar por el mismo sitio que tú. En fin, como dicen en mi pueblo: un pifostio de la virgen!".
Consolaos, las proteínas que habitan vuestras células están mucho peor, que digo peor, nosotros vivimos como reyes.
¿Alguno de vosotros se ha preguntado alguna vez como es en realidad una célula por dentro?, no sobre la formita o si tiene sentimientos, quiero decir, a nivel molecular.



Dejémonos de esquemitas, dibujitos y sandeces simplificadoras como ésta o ésta otra, preciosa por cierto:

 Y "entremos a cuchillo" con los datos:

Vamos a hablar de las intimidades moleculares  del citoplasma de nuestra amiga E. coli. Ya sabéis, a aquellos que estudiamos la química de la vida, nos mola destripar billones de ellas para entender que demonios pasa por ahí dentro, a nivel subcelular... 
Bueno, al lío:
Cantidad de proteína en peso seco (después de retirar el agua) por célula: 55%. de lo que aproximadamente el 25% es soluble (esto es, que no estaba unida a membranas, y no era parte de Ribosomas, unos complejos enormes echos de proteínas y ARN).
Sigamos; una proteína tipo, en la media, tiene una masa molecular de 40kDa (que a peso de caviar son 6.6421608x10(-20) gramos, vamos, una mierdecilla). Una célula más seca que una mojama pesa 2,8x10(-11) gramos, de esto el 25% es proteína que en su día estaba en el citoplasma "flotando". Así que por la cuenta la vieja, dentro de la celulita hay del orden de 1.000.000 proteínas solubles, Sí, un millón de proteínas sueltas, que se quedan en cerca de una cuarta parte: 250.000 tras aplicar algunas correcciones, por que no todas las proteínas son monoméricas y muchas forman macro-complejos de diversa estabilidad con otras estructuras grandes ancladas a las membranas.
Sigamos un poco mas; En el volumen de una sola célula de E. coli ajustan 600 cubos de 100nm de lado (en la imagen A, una vista lateral). Y en cada uno de esos cubos, cabrían, teniendo en cuenta todo lo anterior:
30 ribosomas, 430 proteínas diversas, 6 polimerasas de ARN, casi 400 moléculas de diversos tipos de ARN. Y ademas otras 80.000 moléculas pequeñas  (imagen B) como iones, cofactores enzimáticos...etc...SIN contar el agua que en las células vivas ocupa un volumen de entre 50-70


Representación a escala del "pifostio" citoplásmico dentro de una E. coli. Arriba a la derecha esquema de E. coli para situar las imágenes A  y B. Goodsell DS. Inside a living cell. Trends Biochem Sci. 1991 Jun;16(6):203-6.

 Representación a escala, con colorines, del "pifostio" citoplásmico dentro de una E. coli. (del mismo señor)


Para entendernos mejor pongamos esto a nuestra escala:
 
Vosotros (170 cm de persona aprox.) sois una proteína típica de al rededor de 6 nm, por tanto el cubo de 100nm tendría casi 30m de lado... esperad, mejor aún, imaginaos el volumen de vuestra casa de dos plantas 10x10x10, si es que la tenéis, que será una tercera parte de un cubo de 30m cúbicos. Pues, ala!! metedle a vuestra casa: 100 personas adultas, 10 coches grandes con carro y una camioneta, un equipo de baloncesto de la NBA con animadoras y todo, un par de luchadores de sumo, un centenar de niños de entre 0 y 5 años y 20.000 botellines de cerveza. El ser humano solo conoce dos lugares a tan altas densidades: la plaza del ayuntamiento de Valencia en día de Mascletá y el metro en Fallas. Y sin embargo, donde nosotros casi morimos por aplastamiento (no digamos ya moverse), las moléculas que nos componen se las arreglan a las mil maravillas para mantener los quehaceres diarios de la vida.
 



Nota al margen:

Que el agua ocupe del 50 al 70% del volumen de una célula no es incongruente con la aglomeración molecular. Las macromoléculas biológicas como proteínas, ARNs, lípidos de membrana, etc, no son como bloques de cemento, son muy huecas, casi como tu colchón o una esponja, y estos huecos se rellenan con agua, que forma parte primordial de la estructura de la macromolécula.


Estructura determinada por criastalografía de Rayos X de la intercalación entre una proteína (roja-naranja) y ADN (morado), moléculas de agua como esferas, en azul aquellas que son importantes en la interacción entre esta proteína y este DNA.

Bibliograía:
* Goodsell DS. Inside a living cell. Trends Biochem Sci. 1991
*http://mgl.scripps.edu/people/goodsell/illustration/cell
*Yaakov Levy and José N. Onuchic. Water and proteins: A love–hate relationship PNAS 2004 


15 comentarios:

  1. Jo tío, me sigue alucinando tu facilidad para recopilar datos y jugar con los números y las escalas. Me he mareado y todo.

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  2. Con tanto follón de aglomeración... estoy empezando a sentir agorafóbia!!

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  3. ¡Guau! Como siempre, muy ilustrativos tus ejemplos para hacernos entender cifostios de todo tipo.

    Ahora me planteo si podría conseguir meter todo eso en mi piso...creo que empezaré por los 20.000 botellines de cerveza y le mandaré un mail a Pau Gasol para que vaya corriendo la voz en la NBA.

    ¡Un saludo y sigue ilustrándonos así!

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  4. Tal como dice Consuela...lo de los botellines junto a los 100 niños de 0 a 5 años sería el acabose de todo !

    Me pregunto como cambiarían las comparaciones con una neurona o una célula adiposa..xD

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  5. Dr. Litos, lujancio, está claro que el mareo y las fobias mentales parecen la tónica general en lo relacionado con tanta aglomeración, a mi me pasó lo mismo en el primer instante... la simple imaginación de tal follón es demencial.

    Consuela, ya sabia yo que alguien se apuntaría a lo de los botellines...ahora, con 20000 casi tienes cerveza para tres vidas o cuatro borracho todos los días...vaya otra cosa relacionada con los mareos...

    Raven, estuve tentado de entrar con las neuronas, pero era camisa de once varas, porque tenías que empezar por definir de quién eran las neuronas, y es obvio que en las neuronas de algunos, lo que hay es densidad pero de vacío... vamos que van en contra de de la aglomeración...

    un saludo a todos

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  6. Somos la clase de 2º de bachiller de Pedro. Acabamos de leer tu post. Estamos en el tema de las proteinas y nos estais agobiando entre todos.

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    1. Nosotros estamos peor :((( (Somos la clase de Pedro de 2014)

      PD: Mañana tenemos un examen del pifostio.

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    2. ¿Qué coincidencia! Los dos comentarios son del 20 de octubre, con tres años de diferencia. Lo que pasa es que este año hemos empezado antes, ergo, Vamos retrasados!!!

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    3. Ni sufráis proteínicos amigos! no me cabe duda de que os desenvolveréis entre el pifostio como proteína bien plegada recién sintetizada. ÁNIMO!!

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  7. Jajaja, pues chicos no sé si el mensaje va con rencores auténticos o es más bien de cachondeo. Pero si queréis aprender de proteínas y disfrutar a la vez, leeros las historias de Batablanca... (aquí cada uno barre para casa).

    Suerte, y a empollar!

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  8. Vaya telaa!!! estoy empezando a pensar que lo de la coña del mareo y las fobias al finar aun va a ser verdad.
    De cualquier manera chic@s no agobiarse, que seguro que Pedro no os pide que contéis las proteínas que 50kDa que hay en una célula.

    En fin, para resarciros del agobio, me prestaré raudo a resolver las dudas que tengáis si las dejáis escritas por aquí.

    un saludo a todos.

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  9. Sí que están un poco agobiados, pero me ha venido al pelo para la clase de hoy. Han reconocido el vídeo y han entendido el modelo vacío y el modelo pifostio, aunque les choca que un bata blanca diga pifostio en un blog.
    Saludos.

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  10. Pedro, no me extraña que se extrañen de que una bata blanca diga "pifostio"...ese es el problema de la ciencia que sale en la tele, o se "ensalza" en los libros...diles a tus alumnos que esta bata blanca usa lo mismo un microscopio que una azada o un tractor agrícola, de hecho el microscopio fue lo último que aprendí a manejar... para ser científico no hace falta ser un genio sin parangon como Einstein, o ser la "re-ostia" como el Grison ese... solo una persona normal que disfruta y sufre con lo que la ciencia conlleva... vaya, como cualquier otra persona en cualquier otra profesión vocacional.

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  11. Yo no les digo nada, lo mejor es que lo leen en clase.
    Muchas gracias por las respuestas, no podría describir sus caras cuando estaban leyendo las réplicas. No estan acostumbrados, pero estamos en ello.

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  12. Vaya profesor Bachsinger, me alegra ver que tienes alumnos virtuales, aunque me los haya agobiado con tanta proteína. Coincido con el Dr Litos en tu gran capacidad para manejar cifras y hacer comparaciones, aunque claro esta a todos nos da un poco de vértigo-mareo pensar en tanta "aglomeración". Especialmente si reflexionamos en que lo que muchas veces hacemos al comparar tan sólo lo que hacen un par o tres o cuatro de esas proteínas...como si no hubiera nadie más. Esta bien que nos recuerdes que se tienen que dar “empujones” para poder hacer “sus cosas”.Por cierto, se nota que estas en el país donde la cerveza constituye un “bien básico", sin impuestos adicionales”.

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